La Agrupación de Universidades Regionales inicia su funcionamiento el 04 de enero de 1996, en sesión efectuada en dependencias de la Universidad de Valparaíso.

Esta entidad es la continuadora de la Coordinación de Iniciativas de Universidades Regionales, organismo que coordinaba los Consejos de la V Región, Norte y Sur.

La primera Directiva de la Agrupación de Universidades Regionales estuvo constituida por don Heinrich von Baer, Rector de la Universidad de La Frontera y por los Vicepresidentes Sres., Mario Maturana Claro, Rector de la Universidad de Atacama y don Bernardo Donoso Riveros, Rector de la Universidad Católica de Valparaíso.

Sus Presidentes a la fecha, han sido Heinrich von Baer von Lochow (ex - Rector Universidad de La Frontera), Alvaro Rojas Marín (ex – Rector Universidad de Talca), Hilario Hernández Gurruchaga (ex - Rector Universidad del Bío-Bío).

Con fecha 26 de noviembre de 2002, la Agrupación de Universidades Regionales de Chile, acordó la creación de la Red Sinergi@ Regional, cuya misión es fortalecer las capacidades y el compromiso de la ciudadanía, sociedad civil y organizaciones públicas, privadas y académicas de las regiones de Chile, para participar en forma eficaz en los procesos de descentralización y de desarrollo humano local y regional y empoderar a comunidades vulnerables en iniciativas dirigidas a ampliar sus oportunidades de desarrollo.